29 Ocak 2018 Pazartesi

Data Science, geçmişi ve geleceği

Data Science, Past, Present and Future


Kapatıp açalım belki düzelir

Bilgisayar bakımından sorumlu IT, bilgi işlem departmanlarını sorun için aradığımızda duyduğumuz cevap "Kapatıp açalım belki düzelir".

Google'ın, Coursera ile düzenlediği yeni kurs sayesinde belki bu cevaplar azalır :)

Google IT Support Professional Certificate Specialization 
--

25 Ocak 2018 Perşembe

Fırtınadan sonra neden astım atakları daha çok görülüyor?

Fırtına sırasında polenlerin daha küçük parçalara ayrıldığı ve bu küçük parçaların hava yollarının daha distallerine ulaşarak astım ataklarını tetikledikleri düşünülüyor.


Thunderstorm-triggered asthma attacks put under the microscope in Australia.

23 Ocak 2018 Salı

Kanser tedavisinde daha iyi teknoloji mi daha iyi bakım mı?

Bu makalede "Kanser tedavisinde daha iyi teknoloji mi daha iyi bakım mı?" konusu tartışılıyor:

Cancer patients need better care, not just more technology

Nature 549, 325–328 doi:10.1038/549325a

https://www.nature.com/news/cancer-patients-need-better-care-not-just-more-technology-1.22644

Şu paragraf ilgimi çekti:
...... now considered a standard treatment in India for patients with metastatic colon cancer, despite trials showing that it improves median survival by only 6 weeks ..... in many parts of India, there aren't enough pathologists to test a woman's breast cancer for the oestrogen receptor. ..... would enable many thousands of women ....... increases the cure rate of breast cancer by 10%.
Benzer sorunlar bizde de var sanırım. Patoloji departmanlarında hemen herkes moleküler testlere, sekanslamaya yönelirken sadre şifa noktalar dikkatten kaçıyor. Otoliz, tespit takip, IHK standardizasyonu gibi noktalarda hala eksiklikler bariz. Standart tanı için vakaların bölüm içi ve bölüm dışı konsültasyonu bile hala çözümlenebilmiş değil.
... considerable uncertainty about the cost-effectiveness of proton-beam therapy, there are plans to install at least 18 such machines across Brazil, Russia, India, China and South Africa. Each machine costs around $140 million12. These same countries currently have an average deficit of around 60% in both human resources and equipment for basic radiotherapy, which is much more effective in increasing cure rates and relieving suffering13.
Standart tedaviler ve teknikler yerine daha "fancy" şeylere odaklanılmasında hekimler ne kadar etkili oluyor acaba? Hani "biz  de yapalım" gibisinden düşünceler oluyordur belki. Son zamanlarda yapılan PD-L1 yolağındaki çalışmalara bakılırsa "moda"ya patologlar da uymaya meyilli.
..... must not insist on replicating models established in high-income countries.....
Ne zaman bu konuyu gündeme getirsem, "sağkalıma etkisi çok kısıtlı, bizde hastalar ileri evre" desem "senin yakının olsaydı bu ilacı kullanmak istemez miydin" oluyor verilen cevap. Henüz daha "veri" kullanarak cevap veren çıkmadı.

18 Ocak 2018 Perşembe

Pertussis Boğmaca

66 yaşındaki bu hasta aşı olmasına rağmen Pertussis (Boğmaca) olmuş. Öksürmekten kaburgası kırılmış. Aşı yaptırmama "modası" devam ettikçe kim bilir bu gibi durumlar ne kadar yaygınlaşacak:

http://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMicm1701940

Gözlemciler arası uyum

Kappa testi gözlemciler arası uyumu belirlemek için kullanılıyor ve patolojide en çok kullanılan analiz yöntemlerinden birisi.
Burada dikkat edilmesi gereken iki nokta var:
  • Gözlemcilerin birbiri ile olan farklılıkları
Bir asistan ile bir eksper patoloğun uyumsuzluğu gözardı edilebilecekken, iki eksperin tanı uyumsuzluğu daha önemli olabilir.
  • Tanıların birbiri ile olan farklılıkları
T1 ve T2 olan tümöre aynı tedavi veriliyorsa T1 ve T2'nin ayırt edilmesi önemli olmayabilir. T1 ile T4 arasındaki fark çok önemli olabilir.
Gözlemcilerin eşit olmaması nonunique rater, tanıların farklı değerlendirilmesi ise ağırlıklı weighted kappa analiz olarak Stata'da incelenebiliyor.
Detaylar şu dökümanda: https://www.stata.com/manuals13/rkappa.pdf
Bu testi kullanan çalışmalar:
  • Ampullary carcinoma is often of mixed or hybrid histologic type: an analysis of reproducibility and clinical relevance of classification as pancreatobiliary versus intestinal in 232 cases.