27 Şubat 2018 Salı

USCAP kongresini sosyal medyadan takip edeceğim

Bu yıl da USCAP kongresini twitterdan takip edeceğim. Bunun için hazırlık yapmaya başladım. Biri de bu twitter widget'ı olacak.





26 Şubat 2018 Pazartesi

DataCamp ile kurs hazırlama

Hazır kursların çevrilmesi işine odaklanmışken DataCamp ile kurs hazırlamaya başlarsak iyi olacak diye düşünüyorum.
Özellikle paket programlardan R'a hızlı geçiş yapmak isteyenler için bir kurs hazırlanabilir.

Benim aklımdaki başlıklar şöyle:


  • Veri transferi
    • Excel ve SPSS'ten veri okuma
  • Veri düzenlenmesi
    • Yeniden kodlama
    • Faktör haline getirme, etiketleme
    • Sütunları seçme, düzenleme
    • Satır filtreleme
    • Gruplama, veriyi bölme
  • Tanımlayıcı istatistikler elde etme
  • Hipotez tesleri
Ücretesiz bu imkanı değerlendirmekte fayda var:

http://authoring.datacamp.com/welcome/getting-started.html

25 Şubat 2018 Pazar

Coursera kurslarının Türkçe'ye çevrilmesi için sistemin kullanılması

Coursera kurslarının çevirisi için sistemin nasıl kullanılacağına dair sorular aldım. Sistemin nasıl kullanılabileceğini gösteren bir videoclip hazırladım:



Coursera ( https://www.coursera.org/ ) hesabınızla https://translate-coursera.org adresine girip, "translate" kısmından çevirmek istediğiniz kursu seçip çeviriye başlayabilirsiniz. Kurs seçimini siz yapabilir, istediğiniz kurstan başlayabilirsiniz. Ya da şu anda çoğu çevrilmiş ama bitmediği için henüz yayımlanmamış kursları seçebilirsiniz. Seçtiğiniz kursu haber verirseniz, tüm çevirmenlere duyurur daha hızlı çevrilmesini sağlayabiliriz.




You will enter https://translate-coursera.org website with your Coursera ( https://www.coursera.org/ ) account. Click the translate tab and select the course and lecture you want to translate. You may select whichever course or lecture you want. You may also select mostly translated but not finished courses. If you inform us with the lecture you have selected, we may call for help from other translators and may facilitate the translation process. Please see attached videoclip as well.




24 Şubat 2018 Cumartesi

Coursera kurslarının Türkçe'ye çevrilmesi hakkında

"Kanser biyolojisine giriş" gibi kanserle ilgili Coursera kurslarının çevirisi planlanmaktadır. Özellikle İngilizce ders anlatma pratiği yapmak isteyenler için iyi bir fırsat olduğunu düşünüyorum.

Patoloji uzmanı veya kanser biyolojisi üzerine çalışanlardan "Introduction to the Biology of Cancer" ve "Introduction to Breast Cancer" kurslarının çevirisine yardım etmek isteyen olursa, https://translate-coursera.org/ adresine girip istediğiniz dersin videolarının alt yazılarını çevirmeye başlayabilirler.

Coursera kurslarının Türkçe'ye çevrilmesine katkıda bulunmak isterseniz "Global Translator Community" adresine Coursera hesabınızla girebilir ve istediğiniz kursun çevirisini yapabilirsiniz.

Çevirinin organize bir şekilde sürdürülebilmesi için lütfen şu dökümanda çeviriye başladığınız dersin karşısına isminizi yazın.


20 Şubat 2018 Salı

Ülkelere Göre Patoloji Makalelerinin Sayıları

PubMed'de yer alan patoloji dergilerindeki makale sayılarını incelediğim ilk analiz bitti. Kodu github ve buraya da ekledim:

https://sbalci.github.io/pubmed/BibliographicStudies.html

Yorumlarınızı bekliyorum :)

19 Şubat 2018 Pazartesi

R-project veri yüklemek neden zor?

Tüm dünya R ile istatistik analizine ilerleyedursun, biz hala SPSS adı altında kurslar düzenleme derdindeyiz. Jamovi gibi grafik arayüzleri varken hem de. Peki neden? Haklı tarafı yok mu?

R savunucuları, bu durumla dalga geçedursun, aslında hala daha SPSS'in kullanılmasının önemli bir nedeni var: veri yüklemek

R'a veri yüklemek neden bu kadar zor. Çoğu data üstadının burun kıvırdığı excel hala daha en çok kullanılan veri giriş modeli. Bir spreadsheet herkesin anlayabileceği kolaylıkta.
Neden hala R'a excel yüklemek bu kadar sorun? En fonksiyonel bulduğum xlsx paketini eklemek için java yüklemek gerekiyor. SPSS için foreign paketleri, haven paketleri ortada geziyor. Hele bir de .csv dosyaları var ki, eğer Türkçe excel kullanıyorsanız ; ile , arasındaki fark herhalde bu kadar anlamlı olmamıştır. Sayılara verdiğiniz . ya da , ile ondalıklar da epey sıkıntıya neden oluyor.

Jamovi de sadre şifa değil, o da henüz .sav dosyalarını okuyamıyor (Onun için önce JASP ile açıp sonra Jamovi ile bu JASP dosyasını açmak lazım). Eğer .csv dosyanızda sorun varsa veriniz de düzgün yüklenemiyor.

SPSS'in bu kadar yaygın olmasının nedeni belki de sadece bu konuda kullanıcı dostu olmaya devam etmesi.

Ortada yığınla R kursu var, ama hepsi afaki şeylerden bahsediyor. Neymiş efendim atomik vektör tipiymiş, zorlama ile türler nasıl değişirmiş, S dili çok önemliymiş, lattice mi kullaılacakmış, ggplot mu? Adama bir ağız tadı ile veri yükletip frekans tablosu aldıramadıktan sonra R çok iyi bir programmış kime ne?

Bu arada R'a veri yüklemenin -ve tabii bunu data.frame olarak yapmanın- en kolay yolu RStudio ile. Dökümana sağ tıklayıp import dataset dedikten sonrası oldukça anlaşılır:






  • RStudio webinar: Getting your data into R

https://www.rstudio.com/resources/webinars/getting-your-data-into-r/
https://vimeo.com/130548869



12 Şubat 2018 Pazartesi

Jamovi'de Sağkalım Analizi

Jamovi ile artık sağkalım analizi yapmak mümkün.

Bunun için Death Watch eklentisini yüklemek lazım:


Daha sonra menüden sağkalım analizini seçip:


İlgili yerleri doldurmak lazım. Event kısmına sağkalım durumu yazılmalı, event level'da ise ölüm durumu seçilmeli. Time elapsed geçen süreyi gösteriyor. Group seçilirse bu gruplara göre karşılaştırmalı eğriler elde edilebilir.


Verilerin türlerine dikkat etmek lazım. Nominal, ordinal ve sürekli değişkenler uygun şekilde düzenlenmiş olmalıdır.


Sağkalım analizinin tanımlayıcı istatistikleri ve ikili karşılaştırmalar:
Veriler değiştirilmiştir :)



Sağkalım eğrisi istenirse güven aralıklı olarak da çizdirilebiliyor:



Eğer R'da  jmv paketi yüklüyse bu kodu kullanarak da analizi yapmak mümkün:



4 Şubat 2018 Pazar

Patoloji'de akreditasyona gazetecilerin katkısı

Patoloji'de akreditasyona gazetecilerin katkısı üzerine de düşünmek lazım.
Bkz:
https://wwwn.cdc.gov/cliac/pdf/Addenda/cliac0208/Addendum%20G.pdf
http://faculty.poly.edu/~jbain/scitechsoc/readings/98CC.pdf

Belki de son zamanlarda çıkan haberlere reaksiyon göstermek yerine gerginliği dozunda kontrol edip, bu durumu fırsata çevirmek mümkün olabilir.

2 Şubat 2018 Cuma

Coursera alt yazıları

Uzun zamandır Coursera'dan ücretsiz kurslar dinliyordum. Bir şekilde öğrendiklerimin karşılığını vermek istiyordum. Bunun için alt yazıları Türkçe'ye çevirmeye başladım.
https://translate-coursera.org/ adresinden çeviriler yapılabiliyor. 
"Introduction to Breast Cancer" kursundan başladım.