30 Mart 2018 Cuma

immunohistokimya, performans ve tecrübeye dair

Geçmiş gün. Tam hatırlayamıyorum, hilaf olmasın. Akşamın geç saatinde (epey geç bir saatinde) bir karaciğer iğne biyopsisine bakıyordum. Onkolog aramış, metastaz primer ayrımı yapmamı istemişti. Nekrotik bir zeminde atipik hücreler vardı. Genel primer, metastaz ayrımı yapacak, hem de onkoloğu ertesi güne yönlendirecek bir panel istemiştim.

Ertesi gün immünlerin hiç yardımcı olmadığını daha mapeye baktığımda anlamıştım. Ümitsizce tekrar H&E'ye baktığımda nekroz sandığım şeyin aslında keratin olduğunu farkettim. Meğer bir skuamöz hücreli karsinom metastazına bakıyormuşum. Utancımdan immünohistokimyaları ne rapora yazdım ne de ücret bilgisini girdim.

Tecrübe buymuş meğer. Başka bir gün bir beyin tümörüne istenen 11 IHK nedeniyle IHK tahditimizin geçildiğini laboratuvardan şikayetvari bir şekilde duyduğumda, H&E'ye ben de bakayım demiş, SCC diye raporlayıvermiştim.

Sekreterin girdiği fazla histokimya tetkiklerini sildiğimizde sadece faturadan silindiğini, ama performans puanından silinmediğini farkettiğimizde bunu düzeltmek için günlerce uğraştığımızı, şimdi bu konuyu hararetli bir şekilde tartışanlara anlatsam, ne fayda eder acaba?

27 Mart 2018 Salı

Geri bildirim patoloğun tanı oranlarını değiştirir mi

USCAP 2018'deki özetlerini gözden geçiriyordum. Geri bildirim patoloğun tanı oranlarını değiştirir mi konulu bir özet gördüm:

2187 Increasing the Consistency of Sessile Serrated Adenoma Call a in Cohort of 7,054 Colorectal Polyps using Next Generation Quality with Funnel Plots and an Expert-Led Group Case Review

Patologların serrated adenom rapor etme oranlarını takip edip belli aralıklarla patologlara geri bildirim yapılmış. Daha sonra yapılan değerlendirmede eksper ile karşılaştırılmış.

Bu özeti anlamak için yeni terimler de öğrenmem lazım:

  • Funnel plots
  • Pathologist call rates
  • Next Generation Quality
  • Hierarchical free text string matching algorithm

23 Mart 2018 Cuma

21 Mart 2018 Çarşamba

Jamovi ile SPSS dökümanları açılabiliyor

Jamovi ile artık SPSS, SAS ve Stata dökümanları açılabiliyor.

Dosya menüsünden Open altında;



ilgili veri türünü seçmek mümkün. Gerçi Data Files kısmında bırakınca da belgeleri görüyor





SPSS'in .sav dosyaları açılabiliyor.



Kodlanmış verilerdeki değerler de Jamovi içinde korunuyor.




Yavaş yavaş ücretli programlara olan bağımlılığımızdan kurtulacağız :)
















18 Mart 2018 Pazar

SPSS'ten R'a geçerken

SPSS yerine R kullanmaya başlayanlar için öğrenme eğrisini geçerken yardımcı olabilecek bazı kurs ve paketler var:
SPSStoR paketi spss syntax dosyasını R koduna dönüştürüyor. Oluşan kod birebir değil, üzerinde çalışmak gerekiyor ama yine de ilk başlayanlar için epey bir fikir veriyor.
R package to convert SPSS syntax to R code https://github.com/lebebr01/SPSStoR

SPSS syntax oluşturmak için şu sayfada anlatılanları yapabilirsiniz:  SPSS Syntax Beginners Tutorial

Bu kurs da faydalı olabilir:  R for SAS, SPSS and STATA Users

17 Mart 2018 Cumartesi

Altmetric Dimensions Rozetler: Atıfları görmek için yeni bir yöntem

Altmetric yeni bir rozet kullanıma sunmuş.

Şu şekilde rozet oluşturmak mümkün. Fare imlecini rozet üzerine götürünce detaylar izleniyor. Rozet tıklanınca ayrıntıların olduğu sayfaya yönlendiriliyor.





Bu rozetleri ben de CV'me yerleştirmeye başladım: Atıf Listesi


Rozetin kodları şurada: Dimensions Badges

12 Mart 2018 Pazartesi

R-project, kolay analizler için zor, zor analizler için kolay

R kullanmanın zor yanlarından daha önce bahsetmiştim.

"R: simple for complex tasks, complex for simple tasks" adlı yazı hislerime tercüman olmuş. Gerçekten de basit şeyleri yapabilmek için epey bir emek gerektiriyor.

Ama aynı verinin sürekli güncellenerek geldiği durumlarda, kodla çalışmak gerçekten çok iyi oluyor. Maalesef sütunların yerini değiştirip, yeni sütunlar eklendiğinde JASP ve Jamovi beklenen performansı veremiyor ve bazen çöküyor. Jamovi ve JASP'ın syntax dosyasını ayrıca vermemesi de tekrarlanabilirliği zorlaştırıyor.

En iyisi R'ı doğru dürüst öğrenmek.


R: simple for complex tasks, complex for simple tasks
https://ekonometrics.blogspot.com.tr/2018/03/r-simple-for-complex-tasks-complex-for.html
https://www.r-bloggers.com/r-simple-for-complex-tasks-complex-for-simple-tasks

8 Mart 2018 Perşembe

kodlamaya temelden başlayalım

R kodları zorlamaya başlayınca temelden başlayayım dedim :)

https://algodijital.com/




QuPath ve dijital patoloji analizi


Mac OS için .svs dosyalarını açacak program ararken bulmuştum QuPath'ı.
QuPath'ın validasyonu kolon tümörlerinde CD3, CD8, p53 ve PD-L1 skorlaması yanısıra H&E preparatlarındaki tümör-stroma oranı ile yapılmış.
Örnekler TMA üzerinde, kod ile ve otomatik analiz ile skorlanmış.
Önemli bir nokta skorlamalar sağ kalım ile de karşılaştırılmış.



QuPath: Open source software for digital pathology image analysis Scientific Reports volume 7, Article number: 16878 (2017) doi:10.1038/s41598-017-17204-5

QuPath'ın oldukça iyi eğitim dökümanları var: https://github.com/qupath/qupath/wiki

Makaledeki videolar şunlar:

MOESM2_ESM.mov

MOESM3_ESM.mov



Makalenin referans verdiği diğer dijital analiz araçlarının makaleleri ise şunlar:

4 Mart 2018 Pazar

p değeri üzerine bir klasik

p değeri üzerine yüklediğimiz olağanüstü anlamı ve araştırmalarda yapılan en büyük hatalardan birini gösteren bir klasik karikatür, xkcd'den:


3 Mart 2018 Cumartesi

Notlar: Machine Learning

Machine learning hakkında:


Notlar: Machine Learning: https://teachablemachine.withgoogle.com/ Machine learning kavramı hala çok uzak geliyorsa deneyip görebilirsiniz:)  Cumartesi akşamı...

USCAP ve PubMed arama trendleri

Google Trends üzerinden USCAP ve PubMed arama trendlerine baktım.

Görünen o ki, USCAP aramaları iki dönemde pik yapıyor. Biri abstractların gönderilme zamanı, diğeri de kongre zamanı. Herkesin tahmin edebileceği bir bilgi ama veri halinde görmek güzel:





PubMed aramaları ise sene sonu tatilinde bariz bir şekilde azalıyor:




Türkiye'de ise PubMed aramaları yaz tatilinde ve Eylül'de azalıyor. Acaba eğitim döneminin başlaması ile öğretim üyeleri öğrenci derslerine mi odaklanıyor?



İllere göre arama dağılımları ise şu şekilde. Bazı illerden hiç arama yapılmamış olması ilginç:



Ve Türkiye'den PubMed ile birlikte yapılan aramalar, makalelere nasıl ulaştığımız, ve makaleleri ne amaçla kullandığımızı göstermesi açısından ilginç veriler sunuyor:











Not: Bu veri PubMed ve ilişkili terimlerin Google ile aranma miktarını yansıtıyor, PubMed içinde yapılan aramaları değil. Ayrıca siteye direk ulaşanlar ya da başka yollarla ulaşanlar bu verilere dahil değil. Yine de veriler araştırma yapma şeklimiz hakkında ipuçları veriyor.

2 Mart 2018 Cuma

Ohio'nun Calculus dersi

Calculus öğrenmek isteyenler için bugüne kadar gördüğüm en güzel ders Ohio State Universitesi'nin şu dersiydi: https://www.coursera.org/learn/calculus1 Türev'in ne demek olduğunu anlamak isteyenler için ideal.
 
Ders bu sonbaharda Coursera'dan kaldırılacakmış. Aslında tüm Ohio dersleri kaldırılıp üniversitenin kendi sistemine kaydırılacakmış: https://www.canvas.net/browse/osu

Calculus derslerinin yeni interaktif kitabı şurada: https://ximera.osu.edu/ ancak Coursera'daki gibi videolar henüz yüklenmemiş.

MOOC'lar bir dönem Coursera ya da EdX'te denendikten sonra yavaş yavaş üniversitelerin kendi bünyelerine kaydırılıyor. Bu durumda değişik derslere ulaşmak için biraz daha fazla hayret sarfetmek gerekecek. Kullanıcılar da farklı sistemlerde oy verdikleri için kurslar arasında seçim yapmak zorlaşacak.

Bir yandan da altyazı çevirilerimiz ne olacak, boşa mı gidecek diye düşünüyor insan.