30 Nisan 2018 Pazartesi

RCode, yeni bir R arayüzü

R için yeni bir arayüz (GUI) olan RCode denemeye başladım: https://www.pgm-solutions.com/rcode




Bu arayüzün en dikkat çekici tarafı veriyi arayüz içinde düzenleyebilmek.

Grafik fonksiyonlarını henüz denemedim.


29 Nisan 2018 Pazar

SPSS'ten R'a veri aktarırken değişken etiketleri

SPSS'den R'a veri aktarırken değişken etiketlerini aktarmakta zorluk çekiyordum. Değişken etiketleri ve değer etiketleri düzgün bir şekilde aktarılmıyor, sadece rakamlar aktarılıyordu. Bunu engellemek için excel ya da csv'ye aktarıp tekrar R'a aktarınca da bu sefer string ile uğraşmak zorunda kalıyordum.

Bunu Jamovi'de de yaşadım ve geliştiricilerle bunu tartıştım: Value Labels are not preserved when data imported from SPSS #487  Jamovi'de yaşadığım sorunun nedeni SPSS'te verileri ordinal ve nominal olarak doğru kodlamayışımmış.

RStudio ile varsayılan yükleme haven paketi ile. Ancak haven paketi ile de değer etiketleri ve değişken etiketlerini aktarmak zor. Bu etiketleri mutlaka aktarmak istiyorum, çünkü Jamovi'nin oluşturduğu sytax bunları kullanıyor ve ben bazı analizleri tekrar kolayca yapmak için Jamovi syntax'ını RNotebook'a aktarmak istiyorum.

Bunu tekrar tekrar yapmak benim için kolaylık olsun diye aşağıdaki kodu hazırladım. Benzer sorunları olanlar da faydalanır umarım.


25 Nisan 2018 Çarşamba

Yağmacı (Yırtıcı) Dergiler

Predatory Journals diye nam salan, sizden para tırtıklayan, bilimsel kaygıdan çok daha fazla ticari kaygı ile yönetilen dergiler var. Bunları tespit etmek kolay değil. Hele yayın baskısı altında (Publish or Perish) bunların tuzağına düşmek işten bile değil. Bazen de ekmek parası uğruna "verelim parasını, kadroyu alalım" düşüncesi de oluyor.

Predatory'nin Türkçesi için 'yırtıcı'dan daha çok 'yağmacı' daha uygun gibi geldi bana.

Bu konuda değişik listeler ve çalışmalar var. Bunlardan birinde makale bir interaktif web sayfasına (shinyapp) dönüştürülmüş. Buradan bu dergileri arayıp bulmak mümkün:

Searching for Predatory Journals
http://www.msperlin.com/shiny/predatory/

İlgili makale:
Is predatory publishing a real threat? Evidence from a large database study
Perlin, M.S., Imasato, T. & Borenstein, D. Scientometrics (2018). https://doi.org/10.1007/s11192-018-2750-6
https://link.springer.com/article/10.1007%2Fs11192-018-2750-6
https://papers.ssrn.com/sol3/papers.cfm?abstract_id=3067958

İlgili R paketi:
predatory: Tools for Detecting Predatory Publishers and Journals
https://cran.r-project.org/web/packages/predatory/index.html

17 Nisan 2018 Salı

Patolog mikroskopa bakarken tümör hücrelerini bulan algoritma, klasik patoloji ile dijital patolojinin birleşimi

Google mikroskopa bakarken tümör hücrelerini eşzamanlı tespit etmeye başlamış :)

Klasik patoloji ile dijital patolojinin birleşimini görüyoruz burada. Patologları bilgisayar başına oturtup, mikroskoptan kopartmaya çalışmak yerine, patologa alışık olduğu şekilde vaka baktırırken, bilgisayarın destek olması sağlanıyor.

American Association for Cancer Research #AACR18 son kongresinde An Augmented Reality Microscope for Real-time Automated Detection of Cancer adlı çalışmalarını sunmuşlar.

Detaylar şu blogda: An Augmented Reality Microscope for Cancer Detection

Detecting cancer in real-time with machine learning

10 Nisan 2018 Salı

Bilimsel dergi aboneliğinde yeni dönem

Açık kaynak (open access) hareketlerinin ön plana çıkması, akademik paylaşım siteleri (Research Gate) ve sci-hub gibi yollar sayesinde, bilimsel dergi aboneliğinin maliyeti daha da irdelenir oldu.

Ülkemizde tasarruf dönemlerinde (1995 yılı gibi) tüm dergi aboneliklerinin iptal edildiği olmuştu. Yakın zamanda ise Almanya’nın Elsevier ile ve Fransa’nın Springer ile anlaşamaması gündemde. Bizdekinden farklı olarak ödeme yapmayı reddeden Almanya ve Fransa’nın abonelikleri devam ediyor.

French say ‘no deal’ to Springer as journal fight spreads
https://www.timeshighereducation.com/news/french-say-no-deal-springer-journal-fight-spreads

Bu durumda bilimsel dergi aboneliğinde yeni bir döneme girdiğimizi, bilimi üreten ülkelerin masraflarını azaltıp, bilimi satın alan (almak zorunda kalan) ülkeler üzerinde yeni bir ekonomik baskı türü oluşturmaya başladığını söyleyebiliriz.


Ek:

- Dutch publishing giant cuts off researchers in Germany and Sweden
https://www.nature.com/articles/d41586-018-05754-1

5 Nisan 2018 Perşembe

Patoloji'de tuzaklar, ipuçları ve püf noktaları

Patoloji'de tuzaklar, ipuçları ve püf noktaları:

Pitfalls, Tricks & Tips in pathology
https://twitter.com/i/moments/945911623331602433








2 Nisan 2018 Pazartesi

Dergi ve ülkelere göre yayımlanan patoloji makaleleri

Patoloji makaleleri üzerine yaptığım bibliografik çalışmalara devam ediyorum.

Dergi ve ülkelere göre yayımlanan patoloji makaleleri de hazır.

Grafiğin detaylarına, kodlara ve tartışma kısmına şuradan ulaşabilirsiniz: Articles Per Journals Per Country