27 Eylül 2018 Perşembe

in situ tümörler

Epitelyal tümörler bazal membranı aşamadıklarında in situ diye adlandırılır.
Bunu oldukça güzel gösteren bir resim:




25 Eylül 2018 Salı

Meme lumpektomi ve eksizyonel biyopsi makroskopisi

Meme lumpektomi ya da eksizyonel biyopsi örneklerken farklı renkli cerrahi sınır boyası kullanmak incelemeyi kolaylaştırıyor.


Tangram tablo yapmanın kolay yolu

Bu yıl ulusal ve uluslararası kongrelerde sunulacak çalışmalara yardım etmeye devam ettim. Malum bir süredir kongrelere sadece bu şekilde katılabiliyorum.

Bu "analiz" ya da abstract döneminde en çok Tangram Table Grammar Examples paketini kullandım.
Basit bir kod ile tüm tabloları oldukça kolaylıkla oluşturmak mümkün.

Üstelik oldukça havalı, NEJM ve Lancet formatında tablolar yapılabiliyor :)

Geliştiricisi de çok yardımsever. Bir sürü soruma GitHub'da cevap verdi.




23 Eylül 2018 Pazar

JASP ile tek örnek T testi

How to Conduct a Classical One-Sample T-Test in JASP and Interpret the Results - JASP - Free and User-Friendly Statistical Software: The one-sample t-test is used to answer the question of whether a population mean is the same as a specified number, also called the test value. This blog post shows how to perf-orm the classical version of the one-sample t-test… Continue reading →


Edirect kullanarak PubMed'in bir kopyasını oluşturdum

Zamanında ne çok uğraşmıştık. PubMed'in bir kopyasını çıkartacak metin madenciliği çalışmalarımızı bu kopya ile yapacaktık.

Bu konuda yapılmış çalışmalar vardı (Tools for loading MEDLINE into a local relational database) ama biz bunun yerine MEDLINE formatında yıl yıl tüm veritabanını taramış ve tüm verileri .txt olarak indirmiştik.

Sonra uzun uğraşılar ile bunu bir oracle veritabanına dönüştürmüş ve SQL ile taranabilir hale getirmiştik. Bir de poster yapmıştık bu veri ile.

Sonra devam edemedik, verilerin olduğu bilgisayarda trajikomik bir şekilde sırra kadem bastı. Hayatımın en garip ve hayretamiz döneminde bu kaybolan veriyi tekrar bulmak için beklerken Edirect ile lokal PubMed verisi oluşturulabileceğini öğrendim.

Az önce yaklaşık 250 GB büyüklüğündeki lokal kopyayı oluşturmam bitti ve ilk taramalara başladım.
XML ile de öğreneceğim çok şey var daha.


Using EDirect to create a local copy of PubMed - The Insider's Guide to Accessing NLM Data - National Library of Medicine



bölgesel/yöresel nağme farkları nasıl açıklanır?

Oğuz Aksaç'ın "bölgesel/yöresel nağme farkları nasıl açıklanır?" sorusuna verdiği harika cevap.