patoloji-ders-notlari
Title
Serdar Balcı
Memorial Patolojinin
Günlük Pratiğinde Dijital Patoloji
Daha önce gönderdiğim sunum ve yazılara lütfen bakın
Kılavuzlar
Leeds Guide to Digital Pathology
The Leeds Guide to Digital Pathology Volume 2
Aperio AT2 DX Users Guide Türkçe
Aperio Brightfield Tarayıcı Güvenlik Talimatları
Sectra Users Guide Pathology Türkçe
Nelerden bahsedeceğiz?
Spesmen Kabulü
Makroskopi resimleri
Scanner’dan önce
Scanner’da ne oluyor
Sectra’ya aktarım
Tanı koyarken nelere dikkat edeceğiz
via ##dalle https://labs.openai.com/s/jqJBiW0lElfHIGygPnBhFlBj
Spesmen Kabulü
##
ViraPis → Sectra
Makroskopi Resimleri
Makroskopi Resimlerini Yüklemek
Uniview
https://sectra.memorial.com.tr/uniview/
Makroskopi Resimlerini Yüklemek
IDS7
IDS7 sadece windows ve sadece Edge browser ile çalışıyor
Dışarıdan Gelen Resimleri Yüklemek
Bunun için de IDS7’deki yöntem en ideali.
Makroskopi Resimlerini Bulmak
Uniview
IDS7
Mikroskopi WSI
Aperio / Tarama Cihazı
Tarama Öncesi
Barkod
Lam
Barkod
Barkod, Karekod, QR Code, Datamatrix
What Are Those Other Weird QR Codes?
##
https://regex101.com/r/OmbUN6/12
Barkod neden önemli
- Sanal mapenin düzgün oluşması
- Lamların sıralı dizilmesi
- HE ve Özel boyaların sıralı dizilmesi
- İleride ilgili algoritması çalışacak lamların tespiti
- Mesela Ki-67 düzgün bir şekilde düzgün yere yazılırsa bu lamda algoritma taramadan hemen sonra çalışacaktır. Aksi halde algoritmayı manuel çalıştırmak gerekecek.
- Bunun için sadece barkod da yeterli olmayacak, SUT kodlu istek türleri yerine klinik anlamlılığı olan ifadelerle gruplamalar yapmak gerekecektir.
Barkod olmayınca ne oluyor?
- Uyumsuz olarak belirlenip geçici alana kopyalanıyor
- El ile bunları taşımak gerekiyor
- Bu sırada hatalar oluyor
- Geçici alanda biriken dosyalar sistemin performansını düşürüyor
- Lamdan haberi olmayan patolog raporu o lama bakmadan yazabiliyor
Sanal Mape
##
Görüntü Silmek
Görüntü Bilgisini Düzeltmek
Kalibrasyon
https://www.instagram.com/p/CacgqWKo68d/
##
Lam Özellikleri
##
Aynı cam, aynı alan, aynı makina, aynı büyütme.
Küçük bir kabarcık tüm taramanın kalitesini bozmuş. alanı seçip fokus noktasını ayarlamak lazım. Bunun için her lamın tarandıktan sonra kalite kontrolünden geçmesi lazım
Tarama Nasıl Yapılır
Tarama nasıl yapılır?
Lamların Dizilmesi
Önizleme
Odaklama Noktaları
Tarama Sırasında
Mikroskopi Resimleri Nasıl Yükleniyor
Uyumsuz Vakalar
Barkod Nedenli
Uyumsuz Vakalar
Hasta Numarası Nedenli
Uyumsuz Vakalar
Hatalı Görüntülerin Transferi
Sectra’da hasta birleştirme ve görüntü aktarımı
Dışarıdan Gelen
WSI dosyalarını (.svs) Yüklemek
Rutin Dışı Farklı Özellikle Vaka Taramak
##
IHK taranması
Sitoloji Taraması
##
Mega Lam Taraması
Aradan nasıl vaka taranır?
Hata Mesajları
En hızlı tarama için camları taramaya nasıl koyalım?
Teknikerleri gerçek acil olmayan vakalar için aramayalım
Mümkün olduğu kadar cihazı durdurmadan taramalara ekleme yapalım
Taranacak vakaların önden kesilmesini, farklı renkli lama kesilmesini sağlayalım
Biraz sabırlı olalım.
GT450 denemesi sonrasında satın alma kronometre ile ölçüm yapıyor günlerdir.
2 - 10 dakika arasında değişiyor bir lamın taranması.
3 - 4 dakika x 10 rack x 40 lam = 1200 - 1600 dakika (20-26 saat)
Bu sorudan önce:
En hızlı tarama için lamları nasıl hazırlayalım?
Eskinin analitik süreci (tüm laboratuvar), dijital için preanalitik süreç oldu.
Tarama Cihazı Bakımı
Kalibrasyon
Cam Kırıkları
Toz
6 ayda bir kırılma indisi düzeltmesi
Memorial Patolojinin Günlük Pratiğinde Dijital Patoloji
Önceki Sunumdan Kalanlar
Şu an iş akışımızda mape dizimi önce geliyor. Boyadan çıkan lamlar kurutulduktan sonra mapelere diziliyor. Daha sonra dağıtıma çıkıyor. Dijitale giden vakalar da bu mape dizilimini beklediği için saat 3-4’e kadar bekliyor. Daha sonra raklara dizme, ön tarama yapılması ve cihazın çalıştırılması başlıyor. Sabaha kadar çalışan cihazda 400 lamın yaklaşık %75-80’i taranmış oluyor. Kalanlar da ertesi sabah tamamlanmış oluyor.
Hibrid bir iş akışında boyama cihazından çıkan vakaların dijitale mi yoksa mape dizimine mi gideceğine karar verilmesi gerekecek. Bu adım potansiyel hatalara ve gecikmelere sebep olacaktır.
Tam dijital bir iş akışında ise boyadan çıkan lamlar direk taramaya alınacak ve mape dizimi yapılmadan lamlar arşive gidecektir. Bu durumda bir mape hazırlama basamağı olmayacaktır.
Tam dijital ve hibrid bir iş akışında şu noktalara dikkat etmek lazım
Hangi vakanın dijitalde tamamlandığı (dijital bir mape ile hazır olduğu) nasıl bilinecek?
Uzman vakayı açıp blok ve lam sayısına bakıp vaka hazır diye mi kabul edecek?
Yoksa bir tekniker bu vaka tam diye kontrol edip bunu haber mi verecek?
Tekniker haber verecekse bu nasıl olacak? Mail ile olan bildirimler karışıklığa neden oluyor.
Sectra’da vaka durumu özelliği var. Ancak bir lam bile yüklense “çekim” durumuna geliyor. Bunu kontrol eden tekniker “gönderildi” gibi bir sonraki basamağa bunu aktarabilir.
Bu bilgi sadece sectra’da mı olacak yoksa rapora hazır bilgisi virapis’e de giderek bunu güncelleyecek mi (bildiğim kadarıyla sectra durum bilgilerini güncelleyip virapise gönderecek bir yapıda değil)
Tarama Sonrası
Tanı süreci
Sectra eğitim videoları
https://trainingvideos.sectra.com/library/lang/en
Sectra Yardım menüsünden ulaşılabilecek kılavuzlar:
Kullanıcı Kılavuzu IDS7
Kullanıcı Kılavuzu Patoloji Görüntü Penceresi
##
Mikroskopi Resimlerini Bulmak
ViraPis üzerinden
IDS7
Uniview
Lamların Tümü Taranmış Mı?
Virapisten lam sayısı sectraya gidiyor. Ancak bu lam sayısına sadece HE’ler dahil, özel boyalar ve yaymalar dahil değil. Bu sayı sadece virapisin numaraladığı blok ve lamlar üzerinden hesaplanıyor. Dolayısıyla bize bir fikir verebilse de tam işe yaramış diyemeyiz.
Lamın Tamamı Taranmış Mı?
Lamların tümünün taranmış olması vakanın onaylanması için yeterli olur mu? (İstek kağıdı, makroskopide sorun olmadığını varsayarak). Taramayı yapan tekniker vakanın onaya hazır olduğunu belirtmeden önce taramada sorun olup olmadığını kontrol edecek mi? (Şu anki cihaz için söylüyorum) Ya da boyaların durumunu kontrol edecek mi? Bu kısmı teknikerlerin yapabileceğini sanmıyorum. Artık o vakanın uzmanına kalacak. Ve gerekirse yeniden tarama ya da lamları isteyecek.
Doğru Lam Taranmış Mı?
Ekranda Gezinti
Muscle Memory
Yeni kuşak patolojinin yeni ergonomi sorunları
##
https://www.sysmex.com.tr/ueruenler/products-detail/slidedriver.html
**Mac kullananlar için: ** https://middleclick.app/
Mouse, 3D Mouse:
https://www.cimri.com/klavye-mouse/en-ucuz-3dconnexion-klavye-mouse-fiyatlari
https://3dconnexion.com/uk/product/spacemouse-pro/
Digital Pathology Cockpit:
Digital Pathology Cockpit - 3DHISTECH Ltd.
Lamları Gözden Geçirildi Olarak İşaretleme
Ekran
https://www.virtualpathology.leeds.ac.uk/research/systems/pouqa/pathology/
Öğretim Dosyası Anahtar Sözcükleri
Anahtar kelimeler ile vakayı bulmak
İş Listesi Oluşturmak
##
Arşivlenmiş Vakalar
Hastaları geçici olarak anonim hale getirmek
Vaka dökümü almak
20x vs 40x
Senkron görüntüleme
Not alma
Ölçüm
Bağlantı hızı
Işık / Gamma ayarı
Dış Konsültasyon İçin Link Oluşturmak
via ##dalle https://labs.openai.com/s/Yp6cRTIqZwB0LHxSz2uAZa9O
Sanal Hasta, Çalışma Hastası Oluşturmak
Görüntüleri Dışa aktarmak
.svs olarak kaydetmek
Bu dışarı aktarma uniview ekranından da yapılabiliyor, ancak dışarı paylaşılan linklerde bu özellik aktif değil
10 Open-source Whole-Slide Image Viewers and Analysis Programs; Redefining Digital Pathology
8 free open source software programs for image analysis of pathology slides
https://www.leicabiosystems.com/digital-pathology/manage/aperio-imagescope/
https://www.pathomation.com/pma-start/
https://www.iis.fraunhofer.de/en/ff/sse/health/medical-image-analysis/mikroskopie/micaia.html
##
anonim olarak bir grup hastayı paylaşmak
(çalışma, kurs, eğitim ve öğrenci dersleri için)
Paige ve başka firmalar çalışması için anonim olarak bir grup hastayı paylaşmak gerekti. Bunun için svs dosyalarını indirmek ve tekrar yüklemek çok zaman alıyordu.
Onun için bir “visitor” hesabı oluşturdu Sectra ekibi.
Bu hesapla giren kişiler sadece bizim bu klasöre sürükleyip bıraktığımız vakaları anonim olarak görecekler. (burada notlar ve raporu görme opsiyonu da vardı ama ben onu istemedim). Burada sadece patoloji mikroskopi ve makroskopi görüntüleri anonim olarak görünebiliyor. Diğer tetkikler ve bilgiler görünmüyor.
Bu hesapla giren kişiler svs dosyalarını da anonim olarak indirebilecekler. Anonimleştirme işlemi erişim numarasını ve boyaları ortadan kaldırmıyor. Erişim numarasının HIPAA’ya uygun olup olmadığı Sectra forumlarında tartışılıyordu. Ama o konuda daha güncelleme gelmemiş.
Bu hesapla ya da benzeri hesaplarla vaka paylaşabilir, kurslar düzenleyebilir, öğrenciler için koleksiyonlar yapabilirsiniz. Böylece vakanın tümünü anonim olarak paylaştığınız gerçek hayatla uyumlu eğitim ve kurslar düzenleyebilirsiniz. Reklamlar :)
İlerisi için aklınızda olsun.
Sectra’da raporlama ve ses kaydı
Sectra’da rapor için ses kayıt
Sectra’da rapor için ses kayıt
Sectra’da rapor için ses kayıt
Rosai, 10th Ed. Chapter 1
https://my.sectra.com/en-US/ideas/digital_pathology/
https://cubicl.io/portals/5c52931175aca05eac172ee5/
##
Kalite Kontrol
Okuma önerileri
The Leeds Guide to Digital Pathology
Future-proofing pathology: the case for clinical adoption of digital pathology
https://www.linkedin.com/posts/igor2k_artificialintelligence-neuroscience-cognitivescience-activity-6987973855575166976-bdfA?utm_source=share&utm_medium=member_desktop
https://www.augmentiqs.com/microscope-based-digital-pathology-system/
